Część filmu zatytułowana "Air" powstała z gotowego skryptu do 25 odcinka serii TV. Z powodów prawdopodbnie budżetowych został on zrealizowany w zupełnie inny sposób.
W jednej ze scen filmu możemy przez moment zobaczyć tekst pochodzący z prawdziwych e-maili wysłanych do jego twórców.
Podobnie jak w serii TV, w filmie nie brakuje symboli pochodzących z tradycji judeochrześcijańskiej. Wymienić należy przede wszystkim pojawiający się podczas Trzeciego Uderzenia znak "Systema Sephiroticum" mający w rzeczywistości swoje źródło w hebrajskiej Kabale. Zgodnie z żydowską tradycją informacje zawarte w Kabale zostały przekazane ludzkości przez Boga by przyczynić się do bezpośredniego połączenia z Nim. Podobnie w filmie zachodzi przeniesienie się ludzkości na wyższy poziom egzystencji. Drugim godnym uwagi aspektem jest ukrzyżowanie Shinjiego, pojawienie się na jego ciele stygmatów, rozpuszczenie w LCL oraz powrót do ludzkiej formy, co nasuwa bezpośrednie skojarzenia z Chrystusem, jego męką i zmartwychwstaniem - Shinjiego można wówczas odczytać jako mesjasza wprowadzającego ludzkość w nową epokę poprzez HCP. Jednakże jeden z reżyserów filmu, Kazuya Tsurumaki oświadczył iż symbolika ta nie ma żadnego głębszego znaczenia dla filmu, a ma na celu jedynie jego uatrakcyjnienie.
Ostatnia scena w End of Evangelion wywołała spore zamieszanie, a dokładniej - ostatnia kwestia dialogowa w filmie, którą wypowiada Asuka. ""??????" ("Kimochi warui") można przetłumaczyć to na wiele sposobów. Najpopularniejszym tłumaczeniem, które wprowadziło Manga DVD jest "How disgusting" ("Jakże obrzydliwe"). Równie dobrze można to przetłumaczyć na "I feel unwell" ("Nie czuję się dobrze"), "What a disgusting feeling" ("Co za odrażające uczucie"), bądź "I feel sick" ("Niedobrze mi"). Zamieszanie to jest spowodowane tym, że po japońsku to zdanie również nie ma jednego znaczenia. Ostatecznym, i tak naprawdę prawdziwym tłumaczeniem, miało być "I'll never let you kill me" ("Nigdy nie pozwolę ci mnie zabić"), ale Hideaki Anno był z tego niezadowolony.
Pojawiły się również dwa inne wytłumaczenia tej kwestii:
1) Kiedy Shinji zdaje sobie sprawę, że dusi Asukę w rzeczywistości, a nie we śnie (tak jak miało to miejsce w scenie "kuchennej"), załamuje się i ukazuje swą słabą naturę zagubionego chłopca. Takiego właśnie Shinji'ego nienawidziła Asuka - stąd jej kwestia "How disgusting".
2) Kiedy Asuka zginęła (prawdopodobnie) w swojej Evie 02 i doszło do połączenia wszystkich dusz, Shinji zapragnął, by wszyscy odzyskali swe dawne formy. Wszystkie te wydarzenia (odzyskanie zdolności synchronizacji, walka z Evangelionami Seryjnej Produkcji, śmierć i połączenie dusz) Asuka mogła skomentować właśnie w ten sposób: "What a disgusting feeling".
Jak wiadomo, pod koniec filmu doszło do ponownego rozdzielenia jaźni. Kiedy Shinji i Asuka pierwsi powrócili na Ziemię, fani zaczęli spekulować, jakoby powróciła również Rei i Misato - w ciele Asuki. Było to spowodowane tym, że oczy Soryu w końcowej scenie miały kolor czerwony bądź brązowy (trudno dokładnie określić), czyli taki jak Rei (czerwień) albo Misato (brąz). Tak naprawdę jednak, oczy Asuki miały szary odcień, a było to spowodowane stonowaniem i oświetleniem wszystkich kolorów w tej scenie.
Za powrotem Rei przemawia również wygląd Asuki - miała bandaż na prawej ręce i plaster na lewym oku (po ranach odniesionych w swojej ostatniej walce). Takie opatrunki miała również Rei, na samym początku serialu TV.
Jedną z największych tajemnic End of Evangelion pozostaje niesłyszalna wypowiedź Gendo Ikari'ego, kiedy dochodzi do konfrontacji pomiędzy nim a Ritsuko Akagi. Początkowo było to spowodowane eksplozją w tle, ale kiedy wycięto ją, Hideaki Anno zażyczył sobie, by kwestii Gendo nie było słychać. Yuriko Yamaguchi (która użyczyła głosu Ritsuko) miała ciężki orzech do zgryzienia - musiała nadać odpowiedni ton wypowiedzianego przez nią słowa: "Liar", którego używa w stosunku do Gendo, skoro nie miała pojęcia, co tak naprawdę mógł powiedzieć Komandor Ikari. Hideaki Anno postanowił dać Yamaguchi małą wskazówkę, jak miała brzmieć ukryta kwestia. Dzięki temu naprowadził ją na właściwy ton, którego powinna użyć.
Do dnia dzisiejszego, nikt nie wie, jak brzmiała owa wskazówka - poza Hideaki'm Anno i Yuriko Yamaguchi.
Scena, w której Maya czyta wszelkie informacje związane z Unit'em 02 - zawierają one wszelkie informacje genetyczne na górze sporej listy, pełnej rzekomo przypadkowych kombinacji liter. Przypatrując się uważniej, widzimy, że składają się na nie tylko cztery litery: A, T, C oraz G. Litery te odnoszą się do nukleotydów zawartych w cząsteczce DNA - adeniny, tyminy, guaniny i cytozyny.
Kiedy SEELE hackuje MAGI, Ritsuko zakłada firewalla o nazwie 666 - liczbą uważaną powszechnie za znak szatana. Jednak liczba 666 pojawia się często, głównie w nagłych przebłyskach. Pojawia się ona również w scenie, w której Shinji i Misato siedzą w podziemnym garażu. Numer porządkowy miejsca parkingowego znajdującego się po lewej stronie to 667. Tak więc miejsce parkingowe, przy którym siedzi Shinji i Misato, ma numer 666.
W angielskim dubbingu doszło do znaczących zmian, jeśli chodzi o kwestie mówione. Pojawiły się bowiem dwie nowe. Pierwsza pojawia się podczas szturmu na siedzibę NERV'u, kiedy to żołnierz z miotaczem płomieni zabija ludzi wewnątrz jednego z pokojów. W wersji japońskiej (oryginalnej), pomiędzy dwoma strzałami nie słychać nic. W wersji dubbingowanej słyszymy "Hit'em again!" ("Walnij ich jeszcze raz!").
Druga zmiana pojawia się w scenie, w której trzech żołnierzy znajduje Shinji'ego. Misato przybywa z odsieczą, zabijając dwóch mężczyzn, a trzeciego przyciska do ściany. W oryginalnej wersji po prostu pociąga za spust, słychać wystrzał, a następnie ciało osuwa się po ścianie. W wersji angielskiej słychać jeszcze odgłos kuli przebijającej czaszkę i mózg (charakterystyczne chrupnięcie).
Część fanów uważa dubbing angielski za profanację. Nie mają na myśli jednak doboru aktorów, ale dwóch poważnych zmian - pojawiają się mocne wulgaryzmy. Pierwszy pojawia się w scenie, gdy Shinji masturbuje się nad (prawdopodobnie) nieprzytomną Asuką. Po przetłumaczeniu japońskiej kwestii otrzymujemy "I'm really disgusting" ("Jestem naprawdę obrzydliwy"). W dubbingu jednak słyszymy "I'm so fucked up" ("Jestem popie****").
Drugi wulgaryzm pojawia się podczas kłótni (i zarazem ostatniej rozmowy) Shinji'ego i Misato. Katsuragi wypowiada w dubbingu angielskim: "So fucking what if I'm not you?!" ("No i co z tego, ku***, że nie jestem tobą?!").
Epizod 25: "Air" został nazwany od "Air (na strunie G)" z "Trzeciej suity orkiestralnej" Jana Sebastiana Bacha (utwór ten słyszymy w filmie, podczas walki Asuki z Evangelionami Seryjnej Produkcji).
Czerwone Entry Plug'i, które są umieszczane w Evangelionach Seryjnej Produkcji, są podpisane "Kaworu Nagisa". Nigdy nie zostało to do końca wyjaśnione, ale wiele osób uważa, że są one zaprogramowane osobowością Kaworu; ewentualnie wykorzystano do tego celu, podobnie jak w przypadku Rei, jego klonów.